De wetenschapscommissie is een door de KNAW benoemde commissie die zowel de directie van het instituut adviseert als de directie van de KNAW. De samenstelling van de wetenschapscommissie was in 2013 als volgt:
- J. Nerbonne (voorzitter, Rijksuniversiteit Groningen)
- A. Lenz (Universiteit Wenen)
- R. Bendix (Universiteit Gottingen)
- R. van Hout (Radboud Universiteit Nijmegen)
- L. Haegeman (Universiteit Gent)
- M. Jacobs (FARO Brussel)
- J. Leerssen (Universiteit van Amsterdam)
In het jaar 2013 is de wetenschapscommissie eenmaal bijeen gekomen voor een vergadering op 4 september. Tijdens deze vergadering is er gesproken over het Collectieplan 2013-2018, de nieuwe organisatiestructuur van het instituut, in het bijzonder van het onderzoek, het tenure track beleid en de plannen met betrekking tot de clustering in Amsterdam van vijf geesteswetenschappelijke instituten van de KNAW in het Humanities Center.